В 1 веке до н.э. племена саки совместно с албанскими войсками боролись против римских завоевателей, результатом чего стало уничтожение вблизи Шеки войск римского военачальника Помпея. В 5 веке феодалы Сасани подчинили себе Албанию, которая вместе с Шекинской областью (махал) вошла в состав государства Сасани. Город управлялся наместниками шахов Сасани (их ближайшими родственниками) и был их резиденцией.
В 656 году Шеки захватили войска арабского Эмира Салмана Ибн Рабия, а в 706 — Мериана Ибн Мухаммеда, которые безжалостно его разрушили.
В 813 году, когда в Арране было образовано правительство Арраншахов, Шеки перешел в их подчинение. В 985 — 1030 годах город находился во власти династии Шеддадидов, появившейся в Барде.
В 1118 году город захватили сельджуки. В 1396 году Шеки был захвачен и разорен монголами.
В 15 — 17 веках Шекинская область, подверглась нападению иранских и турецких войск, переходила из рук в руки, была неоднократно разграблена.
В 40-х годах 18 века в Шеки начинают подниматься восстания против жестокой феодальной эксплуатации и иранского гнета, ширится освободительное движение. Это движение тогда возглавил местный феодал Гаджи Челеби Гурбан оглы. В 1743 году Гаджи Челеби с помощью своих приближенных убил подручного Надир-шаха (правителя Ирана) — жестокого правителя Шеки Мелик Наджафа и объявил себя шекинским ханом. Взбешенный такими действиями, Надир-шах, чтобы принудить к повиновению шекинцев, в 1744 году с большой армией напал на Шеки и четыре месяца держал в осаде крепость «Гелерсен-Герерсен», где укрылся Гаджи Челеби. По приказу Надир-шаха город был разрушен, поля и сады уничтожены. Однако все это не сломило воли шекинцев, решивших раз и навсегда покончить с иранским гнетом. Надир-шах был вынужден снять осаду крепости и навсегда оставить Шеки.
Таким образом, в Азербайджане появилось первое независимое государственное образование — Шекинское ханство. В период властвования Гаджи Челеби (1743-1755) Шекинское ханство было самым могучим среди феодальных государств Азербайджана. После смерти Гаджи Челеби шекинским ханом стал его сын Агакиши-бек (1755-1760), а затем внук Гусейн-хан (1760-1782). Таким образом, династия Челеби управляла независимым Шекинским ханством 64 года — вплоть до присоединения Азербайджана к России.
С древних времен в Шеки сохранилось множество исторических и архитектурных памятников. Древние корни шекинского ремесла связаны с тем, чем всегда была богата эта земля — плодородными долинами, прохладными горными пастбищами (яйлагами). В окрестностях Шеки всегда было много фруктовых садов. Издревле здесь развивались кузнечное, оружейное, ювелирное и медное дело, гончарное, кожевенное, портняжное ремесло, шелко- и ковроткачество, столярное дело и изготовление шебеке. Многие шедевры шекинских мастеров были известны не только в Азербайджане, но и поступали на мировой рынок.   Средневековый быт требовал защиты от различных посягателей. Наиболее распространенными изделиями здесь были доспехи воинов, копья, секиры, булавы, мечи, щиты, шлемы, кинжалы — в общем, все, что необходимо воину в сражении.
Особым почетом среди представителей знатного сословия пользовались местные ювелиры. Они создавали сложные изделия из золота, серебра и драгоценных камней. Знатное сословие было клиентурой местных ювелиров, готовивших сложные композиции из золота, серебра и драгоценных камней. Шекинские мастера добивались неподражаемой черни на серебре. Украшения в основном делались для женщин. Золотые серьги, браслеты, пояса, кольца, нагрудные украшения, ожерелья, пуговицы и другие драгоценные изделия прославили ювелирные мастерские Шеки на весь Азербайджан.
Кроме того, древний Шеки был крупным торговым центром. До наших дней здесь в превосходном состоянии сохранились исфаханские, тебризские и лезгинские караван-сараи средневекового Шеки.
Жители древнего Шеки пользовались разветвленной сетью водопровода из гончарных труб.
Издавна Шеки славился своими шелками и изделиями из шелка — «келагаями» — красочными женскими платками. Шелководство играло большую роль в жизни горожан-ремесленников. Помимо шелкоткачества здесь развивались крашение тканей, производство позументов, вышивка.
По сей день в Шеки существуют народные промыслы: ювелирное дело, чеканка, производство медной посуды, вышивка.

Дворец Шекинских ханов.
Этот дворец является одним из ценных памятников архитектуры 18 века. Он был построен в 1797 году зодчим Хаджи Зейналабдином из Шираза.
Дворец, в свое время входивший в комплекс дворцовых сооружений и служивший резиденцией шекинских ханов, представляет собой двухэтажное здание. Фасад дворца имеет подъемные решетчатые рамы с набором шебеке — разноцветными мелкими стеклами. Многоцветный рисунок шебеке красочно дополняет росписи, покрывающие стены дворца.
Этому шедевру азербайджанской архитектуры литератор и историк А. Корнилович дал следующее описание: «В Нухе, главном городе, в крепости я видел их дворец, ныне обращенный в присутственные места. Несколько ступеней в высоком портике ведут на обширный, четырехугольный двор, занятый садом: шестнадцать итальянских тополей высоты необычайной, симметрически расположенных, делят его на четыре аллеи. По сторонам этого садика-флигеля, в которой жили придворные, ханские жены, их прислужницы и прочие; за ним высокая в полтора человеческих роста терраса, на коей бассейн с тремя фонтанами, осененный двумя высокими прелестными чинарами, и на террасе самый дворец. Он запущен, но и в запущении изумляет странника остатками великолепия. Я взошел по узкой, темной, каменной лестнице… в высокий покой, род приемной, весь исписанный цветами; вправо и влево комнаты, где вместо стен рамы орехового дерева с узорами самой мелкой работы и в этих сквозных узорах стекла всех цветов: голубые, синие, желтые, красные. Комнаты… все в цветных стеклах: на карнизе, соединяющим их, живопись…». Корнилович также упоминает о стенах дворца, расписанных сценами, изображающих войну, охоту на медведей, кабанов и др.
Кстати, следует отметить, что сооружения, подобные дворцу шекинских ханов, в 18 — 19 веках были возведены также в Шуше, Ордубаде, Лагиче и других местностях Азербайджана.
Дом Шекихановых.
Это другой интересный памятник архитектуры конца 18 века. Принадлежал он близким родственникам шекинских ханов. Здесь окна комнат первого и второго этажей, как и окна дворца шекинских ханов, выполнены в стиле стенной росписи дворца. В доме Шекихановых имелся поразительной красоты декоративный бухар-камин, облицованный изразцовыми плитами.
Караван-сарай.
Издавна Шеки славился как город мастеров, ремесленников и, конечно же, торговцев. Со всех сторон сюда съезжались купцы и торговцы из стран Великого Шелкового пути. Именно поэтому строительству караван-сараев уделялось особое внимание. Так, к примеру, в 18 — 19 веках в Шеки действовали 5 больших караван-сараев. До нашего времени сохранилось лишь два из них — Верхний и Нижний, построенные в 18 веке. Уже тогда мастера стремились обеспечить достойный сервис своим постояльцам. Поэтому караван-сараи строились с учетом всех удобств, которые были бы необходимы как для торговцев, так и для безопасности их товара. В шекинских караван-сараях купцы обычно складывали свой товар в подвал, торговали на первом этаже, а жили на втором.
Площадь Верхнего караван-сарая составляла 6000 квадратных метров, а нижнего — 8000. Высота их — около 14 метров. В каждом караван-сарае насчитывается более 200 комнат. Традиционно караван-сараи имели ворота с двух, и а иногда и сразу с четырех сторон. Когда ворота закрывались, они превращались в неприступную крепость.
В настоящее время Верхний караван-сарай используется по своему прямому назначению — как гостиничный комплекс.
Шекинская крепость.
В период своего правления шекинский хан Гаджи Челеби (1743 — 1755) в северо-восточной части города построил крепость с целью его защиты. Длина крепостной стены составляет около 1300 метров, ее высота в длину — около 8 метров на юге и 4 метра на севере. Толщина стены — около 2-х метров. Вдоль нее на всем протяжении была расположена 21 защитная башня. С севера и юга крепость была закрыта арочными воротами. Стена и башни крепости некогда были сильно разрушены. А в 1958-1963 годах она была отреставрирована и восстановлена.
Крепость Гелерсен-Герерсен. Предположительно фундамент крепости был заложен в 15 веке. В настоящее время ее живописные развалины можно увидеть на берегу реки Киш, что в 4 километрах от Шеки. Крепость располагается на вершине горы Гаратепе. Долгие годы она верно охраняла подступы города от иноземных захватчиков. В этом ей также помогали несколько рядов толстых стен. За время своего существования крепость прославилась как неприступная и очень прочная, о чем даже было упомянуто в письменных источниках. Название крепости «Гелерсен-Герерсен» на русский язык переводится как «Придешь — Увидишь». С появлением этого названия связана целая страница истории города. Так, в 18 веке, когда на Шеки напал иранский правитель Надиршах, шекинский хан Гаджи Челеби отказался сдаться. Взбешенный Надиршах захотел узнать, где он скрывается, что так уверен в своей безопасности. Тогда Гаджи Челеби послал шаху ответ: «Придешь — увидишь». И действительно в 1744 году Надиршах с большой армией подошел к крепости, однако взять ее не смог и отступил. После этого крепость стали называть «Гелерсен-герерсен».
На территории крепости есть много глубоких колодцев, которые, по некоторым версиям, служили ловушками для врагов. Также есть версия, что под крепостью существует подземный ход на случай бегства.
Минарет Гилейли.
Это памятник архитектуры 16 — 17 веков. Когда-то он был частью известной в городе мечети Гилейли. К сожалению, за время своего существования мечеть сильно пострадала, и как напоминание о ней остался лишь минарет, построенный из обожженного кирпича, и сегодня хорошо охраняемый государством. Минарет расположен в Кюлехлинском махале города. Он является первым и самым высоким минаретом в районе Шеки — Закаталы.
Средневековая баня. Эта баня 19 века в Шеки очень неплохо сохранилась до наших дней. Она построена в стиле традиционного банного помещения: то есть состоит из двух больших залов: первый предназначен для того, чтобы раздеться (Chol или Bayir), а второй (с подогретым полом) — непосредственно для мытья.
Джума-мечеть.
Джума-мечеть, или Ханская мечеть была построена в 1745 — 1750 годах, возле базарной площади. Перед мечетью располагается небольшое кладбище, на котором погребены Гаджи Челеби, управлявший Шеки в 18 веке, и его приближенные. Их могилы увенчаны куполами и надгробиями с вырезанными на арабском языке надписями. Сама мечеть, ее минарет и старинное кладбище сегодня охраняются государством как ценные исторические памятники.
Крепость Сумуг.
В высокогорном селе Илису, что находится в окрестностях Шеки, сохранилась крепость Сумуг — одна из боевых башен последнего илисуинского султана Даниял-бека, храброго соратника шейха Шамиля.
Согласно легенде, эта четырехугольная башня была построена на месте казни наложниц местного хана, изменивших ему. Затем Сумуг стала одной сторожевых башен Даниял-бека. Когда-то бек был офицером царской армии. Но потом поднял восстание против царя и ушел к его заклятому врагу — шейху Шамилю, став его наибом. Однако сохранить территорию Шамилю и его наибам не удалось. В августе 1859 года сдался последний ряд укреплений, подвластных Даниял-беку.
Крепость Сумуг известна многим людям благодаря фильму «Не бойся, я с тобой». Знаменитая финальная сцена сражения была снята именно здесь.
Албанский храм.
Древний албанский храм, уникальный памятник старины, находится в старейшем из мест Азербайджана — деревне Киш, раскинувшейся неподалеку от Шеки. Возникновение храма датируется 1 веком н.э., временем, когда территория Азербайджана входила в Кавказскую часть Албании. Историки предполагают, что храм основал апостол Елисей, принесший в Албанию христианство. Елисей, получив себе в удел восток и направив путь из Иерусалима в Персию, начал проповедовать с тремя учениками. Однако вскоре он подвергся гонениям и прибыл в Киш, где устроил церковь и принес бескровную жертву. Во время расцвета христианской религии на этой территории храм был очень посещаем, однако в дальнейшем был заброшен и просто чудом уцелел до наших времен.
Даже сегодня храм поражает своей красотой. Его ярко-красная крыша-шпиль словно «горит» на солнце. На высоком куполе изображен крест. Толстые стены храма словно украшены маленькими оконцами. Внутри храма прохладно даже в самую жаркую погоду, а воздух здесь словно пропитан древностью и божественным духом.
Все желающие могут бросить в специальную нишу монетку и загадать желание. Внутренние стены храма, к сожалению, облупились и обветшали. Но в одном месте сохранился слой древней штукатурки. Есть поверье, что, если приложенная к этому месту монетка прилипнет, желание сбудется.
Внутренний двор храма тоже представляет немалый интерес. Здесь находится древнее захоронение, накрытое прозрачным пластиковым куполом. Взору предстают лежащие на глубине нескольких метров кости древних людей. Подобных могил на территории храма немало. Судя по всему, здесь погребены служители храма или святые люди, заслужившие право быть похороненными у подножия «дома Бога». Особенно примечательным фактом является рост погребенных людей — не менее двух метров.
Мост через Шин.
Не так давно в Шеки началось строительство самого длинного моста через реку Шин на территории Азербайджанской Республики. Его общая протяженность составила 1266 метров. По словам строительного подрядчика Халида Расулова, несмотря на то, что попытки строительства самого длинного моста республики предпринимались несколько раз, разрушительная сила реки Шин становилась причиной остановки строительных работ. Как сообщает подрядчик, мост, шириной 17 метров соединило село Индже, расположенное в 30 километрах севернее города Шеки, с селом Ашаги Гойнук. Тем самым путь между 18 населенными пунктами сократился до 10 км. Новый мост повысил удобство туристического маршрута Гах.

Шеки — один из величественных в прошлом городов Востока. Шеки в прошлом столица Шекинского ханства, один из древнейших городов Закавказья (Сакашен). Древние традиции этого солнечного места воплотились в традициях национальной кухни, передающихся от поколения к поколению. Шекинская кухня — это источник здоровья и долголетия. Шекинскую кулинарию сложно представить без приправ, алычи и т.д. Если не положить в блюдо тот, или иной ингредиент, вкус изменится. Существуют особые правила подачи блюд на стол, их очередность, которая заканчивается десертом, включающим в себя сладости и фрукты.
Шеки -Гах регион известен своей очень богатой кухней. Шеки славится Шекинское пити, Шекинская халва, Шекинская пахлава и другими сладостями. Шекинские люди готовят плов в зависимости от сезона. Они делают плов с фаршем в зимний период, и с чыхыртма осенью. Блюда из Гаха, Балакена и Загатала отличаются от других регионов Азербайджана, в том числе Шеки. «Сулхуллу», «сыхма» и т.д. являются местными блюдами этих регионов. Белый огурец, мушмула и алыча соленья, украшающие блюда относятся к этой области.